Je zakladatelem Bioinstitutu, o.p.s., Institutu pro ekologické zemědělství a udržitelný rozvoj krajiny se sídlem v Olomouci, jehož byl ředitelem, nyní je zde členem správní rady. Vedl několik úspěšných projektů financovaných EU. Působil jako poradce mezinárodních projektů v Bulharsku, Litvě, Albánii, Moldavsku, Kazachstánu. Působil také jako externí poradce na Ukrajině jako v projektu „Rozvoj ekologického zemědělství“ financovaný Swiss State Secretariat for Economic Affairs (SECO) vedený výzkumným ústavem pro ekologické zemědělství FiBL Frick (FiBL- Research Institute of Organic Agriculture). V Moldavsku pracoval jako poradce v projektu „Podpora EZ v Moldavsku“ financovaném Českou rozvojovou agenturou.
Od roku 2014 je Jiří Urban ředitelem Sekce rostlinné výroby v Ústředním kontrolním ústavu zemědělském v Brně. Je autorem a spoluautorem mnoha publikací, zejména řady učebnic „Ekologické zemědělství“, které vyšly i v anglickém, ruském a polském jazyce. Od roku 2008 vykonával dva roky funkci náměstka ministra zemědělství pro úsek životního prostředí, výzkumu a vzdělávání. Hlavní zaměření úseku MZe, který vedl, byla kromě koordinace zemědělského výzkumu a poradenství hlavně vazba zemědělství na životní prostředí a nové výzvy EU:
• Kontroly podmíněnosti (cross – compliance) zemědělství ve vztahu k prokazování oprávněnosti plateb EU do zemědělství, koordinace státních dozorových organizací v kontrolách CC.
• GAEC příprava a zajištění kontroly podmínek správné zemědělské a environmentální praxe včetně protierozní ochrany a podpory krajinotvorných prvků.
• EZ – ekologické zemědělství a produkce biopotravin (dotace, kampaně, konference, výzkum a poradenství…)
• OZE – obnovitelné zdroje energie, genetické zdroje a agrobiodiverzita, agroenvironmentální opatření.